Enquête. Méthaniseurs, les clusters potentiels des maladies de demain

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Écrit par Julie Lallouët-Geffroy et Raphaël Baldos pour Splann!

Les méthaniseurs engloutissent un fourre-tout de déchets de natures et de provenances diverses. S’il n’y a pas d’alerte forte à ce jour, certains experts s’inquiètent de voir les digestats favoriser la dissémination de maladies. Pourtant, l’immense majorité des méthaniseurs dispose d’une dérogation au procédé d’hygiénisation, censé sécuriser les déchets porteurs d’agents pathogènes... Voici le quatrième et dernier volet d'une enquête sur les méthaniseurs en Bretagne menée par Splann!, organisation de journalistes indépendants soutenue par France 3 Bretagne.

En lisant la liste des matières qui alimenteraient le méthaniseur de ses voisins, l’éleveur Dominique Minard a eu des sueurs froides. À la dernière ligne figure « 1 700 tonnes de matières stercoraires », c’est-à-dire l’intérieur des estomacs et intestins des animaux abattus dans un abattoir voisin. Ces matières sont dangereuses. Elles contiennent des résidus de médicaments, ceux ingérés par les animaux au cours de leur vie comme les antibiotiques. Ils renferment également des agents pathogènes de toutes sortes, dont certains peuvent véhiculer des maladies.

Dominique Minard, éleveur bovin et porcin à Trémorel dans le sud-est des Côtes-d’Armor, a déjà affronté ce genre de maladies. En 2018, alors que le méthaniseur n’existe pas encore, plusieurs de ses vaches meurent, d’autres avortent. « En juin et en septembre, on a eu en tout quatorze avortements et sept décès », raconte-il. Après analyse, la fièvre Q est pointée du doigt. Cette maladie est assez répandue dans les élevages. Ce sont les matières épandues sur les sols qui transportent la bactérie responsable de cette fièvre. Elle peut être transmise aux êtres humains et touche le foie, les poumons, les reins. Elle se déplace dans les airs et, selon les vents, peut s’envoler jusqu’à 80 km à la ronde, de quoi faire des dégâts dans les élevages voisins.

Pour Dominique Minard, la bactérie n’a parcouru que quelques mètres, depuis un champ proche, pour infecter son troupeau et provoquer des mortalités. Un coup dur pour l’exploitation qui mettra plusieurs années à s’en remettre. Alors lorsque l’éleveur et son beau-père Serge Lemaître, qui vit sur l’exploitation, découvrent que ces mêmes matières stercoraires vont alimenter le méthaniseur de son voisin et que la matière produite par ce méthaniseur, le digestat, sera épandu sur les terres agricoles avoisinantes, leur sang ne fait qu’un tour. Ils imaginent déjà le drame de 2018 se reproduire au rythme des épandages et craignent que l’arrivée du méthaniseur n’amplifie et ne multiplie les cas de maladies dans leur troupeau. Ils demandent une expertise vétérinaire pour savoir si ce projet est dangereux pour leurs bêtes et leur exploitation.

« L’utilisation de déchets d’abattoir augmente nettement les risques sanitaires »

En 2020, Alban Charrette, vétérinaire pour un groupement d’éleveurs dans le Maine-et-Loire, Seenovia, se rend sur la ferme de l’éleveur costarmoricain et en tire une synthèse. « C’était la première fois qu’on me demandait un audit sur les nuisances sanitaires envisageables par un méthaniseur à proximité d’une ferme bio, se souvient-il deux ans plus tard. D’habitude j’informe les méthaniseurs agricoles sur les points sanitaires à surveiller. » Dans son rapport, il écrit : « L’utilisation de matières stercoraires et de fumiers de l’abattoir augmente nettement les risques sanitaires. Les bovins abattus proviennent de nombreuses exploitations différentes dont les statuts sanitaires ne pourront pas être connus en temps réel par les exploitants du site de méthanisation. Je suppose qu’un traitement par hygiénisation est prévu pour pallier ce risque. »

De fait, 48 000 tonnes d’animaux sont abattus chaque année dans l’abattoir de Trémorel, situé entre Saint-Brieuc et Rennes. Des bêtes qui proviennent de plusieurs dizaines de fermes, sont acheminées par camion des quatre coins du département et au-delà. Les contenus des estomacs et des intestins des animaux, particulièrement méthanogènes, sont ensuite déversés dans le digesteur voisin. Ces restes animaux, mélangés avec d’autres ingrédients comme des déchets de céréales, permettent au méthaniseur une bonne production de gaz. Mais tous ces déchets ne se transforment pas uniquement en gaz, loin de là. Il en reste une importante quantité de matière solide ou liquide : le digestat. Il sera épandu sur les champs comme engrais.

Ainsi certains agents pathogènes, les résidus de médicaments, de métaux lourds, de pesticides qui entrent dans le méthaniseur se retrouvent à la sortie et donc sur les terres agricoles, provoquant en plus un problème de pollution à l’ammoniac (lire notre enquête : « Bretagne, bol d’air à l’ammoniac »). Ces substances ne disparaissent à aucune étape du processus. En revanche, elles circulent d’une exploitation à une autre, distantes potentiellement de plusieurs dizaines de kilomètres, en passant par le grand brassage qu’est un abattoir. En effet, l’abattoir est un important point de contact entre une multitude d’agents pathogènes, et le méthaniseur, qui récupère ses déchets, est un cluster en puissance.

Plus il y a de déchets de provenances différentes, avec des volumes importants, plus il est difficile de tracer l’origine de chaque déchet, plus les risques sanitaires augmentent. Le secteur de l’élevage est pourtant sensibilisé à ces questions. Les poulaillers vivent sous la menace d’épidémies de grippes aviaires de plus en plus fréquentes. Près de 1 400 foyers d’infections ont été identifiés et 16 millions de volailles abattues entre novembre 2021 et mai 2022. Les zones de surveillance temporaire décidées par les préfets pour endiguer la propagation du virus ont peu à peu été élargies cet été, au point de recouvrir toute la Bretagne. Dans le même temps, la peste porcine fait son retour, en Italie pour le moment. Seule mesure de prévention envisagée, l’abattage. En juin 2022, un millier de porcs y ont été abattus.

Vers une plus grande circulation des maladies

L’épandage de digestat pourrait être un vecteur de dissémination de maladies comme la fièvre Q, le syndrome dysgénésique respiratoire porcin, mais aussi le botulisme. Cette dernière maladie est mortelle, chez les animaux comme chez les humains, mais peu répandue. Toutefois, elle inquiète car elle a connu une recrudescence en mai 2020, en particulier en Bretagne, avec six élevages contaminés. Le botulisme se propage essentiellement via les fumiers de volailles. « Il suffit qu’un cadavre de volaille, de renard, de rat, de pigeon, passe inaperçu dans un aliment, ou un fumier épandu sur une parcelle à côté de laquelle broutent des bovins, et le botulisme peut contaminer un élevage bovin », explique Alban Charrette. Une goutte d’eau dans les marées que brassent un abattoir, puis un méthaniseur.

Si ces maladies sont présentes à l’entrée du méthaniseur, elles pourraient bien persister à la sortie. « On suppose que la fièvre Q résiste à la méthanisation, des études sont en cours sur cette maladie mais aussi sur la tuberculose bovine, précise le vétérinaire. C’est pour éviter une dissémination dans les élevages que l’administration est très prudente sur le sujet. Ceci dit, à ce jour, nous n’avons aucun cas avéré de maladie transmise par l’épandage de digestat issu de la méthanisation. »

Un garde-fou a bien été fixé par la réglementation. Pour éliminer les agents pathogènes, les matières stercoraires, lisiers et fumiers doivent être hygiénisés, c’est-à-dire chauffés à 70 °C pendant une heure. Mais certains agents pathogènes résistent à cette chaleur. Et de nombreuses dérogations existent. L’hygiénisation n’est obligatoire qu’au-delà de 30 000 tonnes par an de matières, animales et végétales, consommées par un méthaniseur ou si plus d’une dizaine de fermes fournissent des déchets. Or, la quasi-totalité des méthaniseurs bretons se situent sous ce seuil, s’évitant ainsi des coûts très élevés pour maintenir une température de 70 °C pendant une heure. L’agence locale de l’énergie du grand Ouest, Aile, qui accompagne bon nombre de projets dans la région, estime dans une étude de 2019 que « l’hygiénisation […] n’est pas faisable économiquement ». Autrement dit, il faut choisir entre rentabilité et sécurité.

Développement de l’antibiorésistance

« La méthanisation n’est pas une solution sanitaire, elle n’a pas été pensée dans cet objectif. Les méthaniseurs ne sont pas conçus pour éliminer les agents pathogènes », rappelle Anne-Marie Pourcher, chercheuse à l’Inrae, l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, à Rennes. Cette spécialiste des agents pathogènes dans la méthanisation explique que globalement cette technologie n’améliore pas la situation sanitaire agricole actuelle, et ne l’aggrave pas, tant que les garde-fous réglementaires sont respectés. Mais, dans l’écrasante majorité des cas bretons, le procédé d’hygiénisation n’est pas obligatoire, et donc pas appliqué.

De plus, des inquiétudes émergent dans les rapports scientifiques. Une étude menée en Norvège montre la présence de micropolluants dans les digestats épandus et estime que « dans certains cas, des polluants pourraient se développer durant la phase de méthanisation ». Dans une offre de thèse de 2017, l’Irstea – devenu depuis l’Inrae – écrit : « Le retour au sol des digestats sur des cultures ou des pâturages peut conduire à une dissémination des agents pathogènes dans l’environnement agricole et contaminer les animaux d’élevages et l’homme. » Le document évoque « le rôle majeur joué [par certains agents pathogènes] dans la dissémination de l’antibiorésistance » et la capacité de certaines bactéries à résister aux antibiotiques.

« L’antibiorésistance est un grave problème de santé publique mondiale, qui progresse extrêmement rapidement, et qui s’accélère depuis les années 2000, écrivait en mars 2022 le ministère de la Santé. La résistance aux antibiotiques menace notre mode de vie actuel et compromet toutes les avancées que la médecine a effectuées depuis plus de 70 ans. Si les habitudes de surconsommation d’antibiotiques ne sont pas stoppées, l’antibiorésistance pourrait devenir l’une des principales causes de mortalité dans le monde. » Lorine Derongs a obtenu la thèse de l’Irstea et l’a terminée en 2020. Elle montre que sur quatorze gènes de résistance aux antibiotiques présents à l’entrée du prototype de méthanisation, huit sont encore détectés à la sortie.

Un fourre-tout de déchets aux risques peu connus

Agents pathogènes, gènes de résistance, la liste n’est pas terminée. Les boues de station d’épuration, qu’on peut utiliser aussi dans des méthaniseurs, sont épandues sur les terres agricoles. Le fruit du traitement de nos eaux usées contient des métaux lourds, des résidus médicamenteux, des perturbateurs endocriniens, de l’ibuprofène, des anti-dépresseurs mais aussi des antibiotiques. Le reflet de notre société française, grosse consommatrice de médicaments.

Les déchets de cuisine et cantines peuvent également véhiculer leur lot de maladies, en particulier avec les déchets de porc qui peuvent transmettre la fièvre aphteuse, maladie très contagieuse, mais aussi la salmonellose ou une forme de pestes porcines. La réutilisation de ces déchets alimentaires est encadrée : l’hygiénisation est obligatoire sans dérogation possible, explique la réglementation.

Mélanger tous ces éléments dans une grande cuve pendant plusieurs jours pour épandre ensuite le digestat sur des champs ne semble pas être bien rassurant de prime abord. Dominique Patureau, chercheuse sur les micropolluants à l’Inrae de Narbonne, temporise en rappelant les échelles sur lesquelles elle travaille ainsi que ses collègues. « Il faut garder en tête les proportions des micro-polluants que l’on observe. On travaille à l’échelle du nanogramme par litre, l’équivalent d’un carré de sucre dans une piscine olympique, ce sont des quantités très faibles. Ce n’est donc pas parce que nous allons détecter les traces d’une substance qu’il faut paniquer. Il faut ensuite en évaluer l’impact pour l’environnement et l’homme, ce qui fait l’objet de nombreux travaux de recherche en cours. Aujourd’hui, nous n’avons aucun signal qui nous dit qu’il faut arrêter l’épandage de digestat. »

Pas d’alerte forte mais des signaux faibles, depuis des analyses de laboratoire. Les résultats de la thèse de Lorine Derongs ont été obtenus à partir d’un mélange de déchets précis : du lisier de porc et de l’aliment pour cheval. Ce qui n’est pas le reflet des pratiques de terrain où ce ne sont pas deux mais une dizaine d’ingrédients qui sont mélangés sous les dômes des méthaniseurs. Des ingrédients aux provenances multiples. Que produit ce brassage d’ingrédients d’origines et de qualité variées ? « Cette question est un enjeu réel mais il y a trop de facteurs à prendre en compte pour pouvoir donner aujourd’hui une réponse claire », explique Anne-Marie Pourcher, chercheuse à l’Inrae.

En attendant que les études soient menées, on continue d’épandre du digestat sur les terres agricoles sans en maîtriser les risques.

> Ce reportage était le quatrième et dernier volet d'une enquête sur les méthaniseurs en Bretagne réalisée par Splann!  organisation de journalistes d'investigation indépendants, basée en Bretagne.

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